En primer lugar, se realizará un estudio electrofisiológico para cartografiar los puntos que producen impulsos eléctricos irregulares. En esta fase, se le introducirá un catéter en el cuerpo a través de una punción, que puede realizarse en la arteria femoral. En algunos casos, se puede acceder a través del brazo, el pecho o el cuello. El médico guiará este catéter hasta la aurícula izquierda para identificar los puntos.

Tras el mapeo, se realiza la ablación. El catéter será sustituido por otro con un pequeño dispositivo que emite pulsos o frío intenso para aislar o cauterizar los tejidos y vasos responsables de la arritmia. Generalmente, se aíslan las venas pulmonares.

El paciente puede ser hospitalizado durante 24 horas. Antes de ser dado de alta, recibirá una serie de instrucciones en las que se detallan los cuidados que debe observar en el periodo posterior a la intervención, que suele ser de siete días. Tras este periodo, pueden continuar con su rutina diaria.